Na współczesny stan hydrologii w gdańskim ośrodku geograficznym wywarło wpływ szereg faktów z przeszłości. Za twórcę gdańskiej hydrologii uznać można prof. dr K. Łomniewskiego, który od utworzenia w połowie lat pięćdziesiątych Zakładu Hydrografii i Klimatologii oraz Stacji Limnologicznej w Borucinie, ściśle powiązał zakres tematyczny i przestrzenny badań ze środowiskiem geograficznym regionu. Stąd też już w okresie początkowym zainteresowania zaczęły się rozwijać w dwóch niezależnych kierunkach. Z jednej strony dążono do poznania stosunków wodnych pojezierzy, a z drugiej strony do poznania stosunków wodnych pobrzeży i przybrzeżnych akwenów Bałtyku Południowego. Z biegiem czasu doprowadziło to do podziału na hydrologię lądową i morską, co w późniejszym okresie zostało sformalizowane poprzez utworzenie Zakładu Oceanografii Fizycznej poza kierunkiem geograficznym.

Gdański ośrodek geograficzny już w okresie działalności Wyższej Szkoły Pedagogicznej aspirował do poziomu uniwersyteckiego. Fakt ten był nie bez znaczenia również dla rozwoju hydrologii. Za wzorem innych ośrodków wprowadzono nauczanie studentów geografii w zakresie specjalizacji z hydrografii i klimatologii. Rozwijająca się już na Uniwersytecie Gdańskim hydrologia na początku związana była z meteorologią i klimatologią. Pod koniec lat siedemdziesiątych Zakład Hydrografii i Klimatologii podzielił się jednak na dwie niezależne jednostki: Zakład Hydrologii i Gospodarki Wodnej oraz Zakład Klimatologii. Dopiero z dniem 1 października 1983 roku utworzono Katedrę Hydrologii i Klimatologii, która scaliła dwa osobne zespoły a której kierownikiem został prof. dr hab. Jan Drwal. W roku akademickim 1983/84 reaktywowano kształcenie studentów w zakresie specjalności z hydrologii i klimatologii. Siedziba katedry została przeniesiona z Gdańska-Wrzeszcza do Sopotu na ulicę Zamkowa Góra 11 by następnie pod koniec lat 80-tych znowu powrócić do Gdańska, gdzie znajdowała przy ul. R. Dmowskiego 16a. We wrześniu 1993 roku wyodrębnił się z katedry zespół pracowników specjalizujących się w problematyce hydrologicznych i fizyczno-limnologicznych badań jezior tworząc Zakład Limnologii(od 1998 Katedra Limnologii). W obrębie tego zakładu funkcjonuje także stacja terenowa w Borucinie. W roku akademickim 1995/96 doszło do ponownego wydzielenia się z zespołu Zakładu Klimatologii (od września 2001 Katedra Meteorologii i Klimatologii) w rezultacie czego Katedra Hydrologii i Klimatologii przekształciła się w Katedrę Hydrologii i pod tą nazwą funkcjonuje do dnia dzisiejszego. W roku akademickim 2009/2010 Katedra Hydrologii, podobnie jak cały Instytut Geografii, zastała przeniesiona do nowowybudowanego gmachu przy ulicy Bażyńskiego 4 w Gdańsku, gdzie pozostaje do dnia dzisiejszego. W roku 2012 zmarł wielce zasłużony dotychczasowy kierownik Katedry Hydrologii prof. zw. dr hab. Jan Drwal. Obecnie kieriwnikiem jest prof. UG dr hab. Roman Cieśliński.